Noticias

Expertos de la UCR “exportan” conocimientos sobre bioinformática

Manrique Vindas Segura

Expertos de la Universidad de Costa Rica (UCR) imparten cursos de bioinformática en Chile, Guatemala, Honduras y Panamá. También diseñan planes de estudio de grado en Argentina y de posgrado en España, lo cual muestra los avances que la Institución ha logrado en ese campo.

Con el diseño de aplicaciones de sistemas bioinformáticos, la creación de un clúster de bioinformática y de la Maestría en Bioinformática y Biología de Sistemas del Programa de Ciencias Biomédicas, la UCR ha adquirido amplia experiencia en el campo de la bioinformática, colocando a nuestro país a la vanguardia en la región.

El Dr. Allan Orozco Solano, profesor de la Maestría de Bioinformática y Biología de Sistemas de la UCR durante un taller sobre secuenciación masiva de nueva generación en Chile.

Estas ventajas comparativas de nuestro país en este campo se enumeran en el Informe del Programa Sociedad de la Información y el Conocimiento (PROSIC) del 2012 y en el artículo “Un repaso del entrenamiento en bioinformática aplicado a la investigación en medicina molecular, agricultura, y biodiversidad en Costa Rica y Centroamérica”, publicado en el 2013 por el grupo de investigación del proyecto de bioinformática de la Escuela de Medicina de la UCR en la prestigiosa revista “Briefings in Bioinformatics” de la Universidad de Oxford, Inglaterra.

También en el 2013, se publicó el capitulo “Infraestructura de investigación y formación en Bioinformática en Costa Rica y el Istmo Centroamericano” (Ver artículo), con la editorial CYTED en Madrid, España.

Cursos y talleres

Esto ha hecho que universidades de otros países soliciten que la UCR comparta la experiencia adquirida. El Dr. Allan Orozco Solano, profesor de la Maestría de Bioinformática y Biología de Sistemas de la UCR, impartió en enero del 2015 el taller “Secuenciación Masiva”, en el Departamento de Bioquímica y Biología Molecular de la Universidad de Concepción en Chile, que es una de las principales Universidades estatales chilenas.

En el taller participaron 15 investigadores y estudiantes del posgrado de Bioquímica y Bioinformática de esa Universidad. El Dr. Orozco explicó que el curso abarcó temas como “técnicas de secuenciación masiva de nueva generación (NGS), análisis de datos moleculares en NGS, uso y preparación de ultrasecuenciadores, bases biológicas y biomédicas de datos, minería de textos en medicina molecular, modelos de casos de “test” genómicos NGS y computación biológica, metagenómica y NGS y diagnóstico genómico con bioinformática clínica y NGS; así como el nuevo paradigma en el diagnóstico genómico: secuenciación masiva”.

El Dr. Orozco dijo que “el objetivo del taller fue preparar a médicos, biólogos, biotecnólogos y bioquímicos a preparar proyectos de secuenciación masiva mediante el uso de un reciente ultrasecuenciador masivo comprado por la Universidad de Concepción, Chile.

Explicó que en el taller se instruyó “cómo transferir datos a la nube y “big data” para analizar microbiomas y genómica comparativa, RNA-Seq y secuenciación Novo, re-secuenciación, transcriptómica, metagenómica y aplicaciones en medicina molecular”.

“Al finalizar el curso se les solicitó a los estudiantes un caso de proyecto de investigación aplicando la tecnología de ultrasecuenciación masiva donde se presentaron proyectos como: Determinación de potenciales genes de producción de antibióticos mediante metranscriptómica comparada, identificación de genes envueltos en biosíntesis de metabolitos secundarios en genomas bacterianos de sedimentos anóxicos y otros”, agregó Orozco.

Destacó que para el curso sirvió de gran apoyo el clúster bioinformático “Nelly”, localizado en el Centro de Informática de la UCR, ya que se utilizaron a distancia los servicios “Galaxy” y sistemas en línea creados en Costa Rica, para analizar genomas, proteomas, genes y secuencias biológicas en farmacogenómica y distintos casos en varios países.

Impulsor de la bioinformática

El profesor Orozco, quien además es investigador del Programa de la Sociedad de Información y Conocimiento (PROSIC) de la UCR, ha recibido varios reconocimientos internacionales.

Representando UCR, el Dr. Orozco participó con dos proyectos en el concurso denominado de Redes Temáticas convocado por el Programa Iberoamericano de Ciencia y Tecnología para el Desarrollo (CYTED).

El primer proyecto se denominó “Tecnologías convergentes” y fue presentado y aprobado en la Red Iberoamericana de Tecnologías Convergentes en Salud (Red IBERO- NBIC), financiada por CYTED.

Este proyecto integró la bioinformática y nanotecnología e involucró a doce grupos de investigación con 86 investigadores de ocho países. Como resultado de esta experiencia se publicó en el Informe del Programa Sociedad de la Información y el Conocimiento (PROSIC) del 2013 el capítulo “Nanotecnología y TIC en Costa Rica”.

El segundo proyecto ganador en la convocatoria de CYTED fue el denominado “Red iberoamericana de ‘software’ libre en biomedicina (FREEBIT)”, el cual se ejecutó desde el 2010 al 2013, en cuyo marco la UCR promocionó e impartió talleres sobre el potencial de Costa Rica a nivel internacional para el desarrollo de ´software’ en bioinformática médica.

En noviembre del 2014, el Dr. Orozco recibió el premio internacional de la edición 2014-2015 de la Cátedra de Genómica de la Universidad de Valencia en España, por presentar la mejor propuesta de proyecto de investigación internacional, la cual consistió en el diseño de una plataforma bioinformática para analizar múltiples genes en un tejido canceroso, la cual mejora el análisis tradicional que solo abarca una cantidad muy limitada de genes.

Esta plataforma se pondrá a disposición de los especialistas en el clúster de Bioinformática Nelly de la UCR.

A finales del 2013, el Dr. Orozco también había recibido un reconocimiento de la Academia Nacional de Ciencias y de su red de talento costarricense, Red Ticotal, como talento destacado del mes.

A raíz de ello, y a su experiencia al participar en el diseño de la Maestría en Bioinformática de la UCR, la Universidad de Valencia, una de las más prestigiosas y antiguas de España, fundada en 1499, le solicitó recientemente que participara en el diseño del Diplomado y la Maestría en Bioinformática Aplicada de esa casa de estudios española.

 

“EXPORTACIÓN” DE CONOCIMIENTOS

La experiencias mencionadas de transferencia de conocimientos no son las únicas, sino que la UCR ya lleva un largo camino recorrido:

En el 2013 y 2014, se capacitó a investigadores de la Facultades de Medicina de la Universidad de San Carlos en Guatemala  y de la Escuela de Informática de la Universidad Tecnológica de Panamá.

En la Universidad Tecnológica de Panamá, la UCR, por medio del Dr. Allan Orozco, apoyó también en el diseño del primer curso académico de bioinformática para la carrera de Ingeniería en Informática y se desarrolló el primer “Simposio de Bioinformática y bioingeniería” en la Ciudad del Saber, con apoyo de Asociación Panameña para el Avance la Ciencia (APANAC) y la Secretaria Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (SENACYT).

La UCR ha apoyado la creación de redes nacionales y regionales, tales como de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática, adjunta a la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB por sus siglas en inglés de International Society of Computational Biology), la Red Centroamericana de Bioinformática y la Red Nacional de Bioinformática de Guatemala (Red BioNagual), esta última con la ayuda de la Secretaria Nacional de Ciencia y Tecnología de Guatemala (SENACYT).

En 2013, Universidad Autónoma de Honduras se presentaron dos charlas magistrales a microbiólogos y biólogos para inducir a estudiantes e investigadores a trabajar en bioinformática, Ese mismo año, el Dr. Orozco recibió un reconocimiento especial de parte de la dirección de investigación científica de esa Universidad por la formación en bioinformática impartida a los futuros profesionales de microbiología en ese país.

También en Argentina, este profesor de la UCR, con apoyo de la Asociación Internacional de Asociaciones Multimedia (FIAM por sus siglas de International Federation of Multimedia Associations), diseñó los programas de las carreras de Bioinformática y Nanotecnología Industrial con énfasis biocomputacional, para el consorcio de universidades públicas integradas al Sistema de Información Universitaria (SIU), así como para la Universidad Internacional Latina (ILAU por sus siglas de International Latin University).

Por otra parte, En 2014 se presentaron varias charlas magistrales acerca de los avances en bioinformática y el trabajo de colaboración de Costa Rica en la región en congresos realizados Boston y Baltimore, E.U.A. así como en Berlín, Alemania, (VER INFORMACIÓN)