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Nuevo ultrasecuenciador impulsará investigación genética en la UCR

César A. Parral

El Centro de Investigaciones en Biología Celular y Molecular (CIBCM), inauguró un ultrasecuenciador de alto rendimiento para ácidos nucleicos (ADN y ARN) denominado (MiSeq), el cual representará un salto hacia adelante en la investigación genética en la Universidad de Costa Rica (UCR) y el país.

El nuevo secuenciador MiSeq fue presentado a cerca de 30 investigadores (as) de diferentes unidades de la UCR y de otras instituciones del país, el viernes 9 de octubre del 2015 en el CIBCM con la presencia de autoridades universitarias.

Este es uno de los primeros secuenciadores de nueva generación que se instala en Centroamérica y el Caribe. Tiene un costo superior a los cien mil dólares y es producido por la empresa Illumina Inc.

Según explicó la Ph.D. Esperanza Núñez, representante de la empresa proveedora, MiSeq es un equipo muy versátil que permite reducir el costo y tiempo de los procesos de secuenciación. Tiene una capacidad de 15 gigabytes y una precisión del 99.9%.

Desde que salió al mercado este equipo tiene más de 12 mil publicaciones en bases de datos públicas.

“Nosotros queremos facilitar la investigación científica desde la muestra, la secuenciación y resultados de una manera sencilla y razonable. Nuestra misión es hacer los proyectos más fáciles, rápidos y proveerles (a los investigadores), una plataforma donde se puedan hacer los análisis de datos e interpretación”, manifestó la especialista.

Con este equipo se puede realizar secuenciación masiva de Ácido Desoxirribonucleico (ADN) (genomas completos, genes completos), secuenciación de Ácido Ribonucleico (ARN), para estudios evolutivos, filogenia, asociación de variantes genéticas con enfermedades, genética comparativa y patrones de expresión genética en diferentes condiciones de los individuos. Se utiliza para secuenciar el Ácido Desoxirribonucleico (ADN) completo de un ser vivo, incluyendo el ser humano. Tiene la capacidad de analizar muchas muestras simultáneamente.

“El ADN tiene regiones que llevan información para sintetizar proteínas, pero la mayor proporción del ADN no lleva información codificante. Sin embargo, en estas regiones no codificantes se pueden encontrar diferencias entre los individuos de una misma especie. Estas variantes pueden aportar mucha información importante para establecer relaciones filogenéticas o asociaciones con enfermedades o respuestas individuales a tratamientos o condiciones específicas, entre muchas otras cosas, aunque no sean regiones codificantes”, explicó la M.S.c. Sandra Silva de la Fuente, coordinadora del Área de Genética y Patología Humana del CIBCM.

“Yo considero que es nuestra responsabilidad dar acceso a las tecnologías y metodologías más avanzadas para garantizar una formación de calidad a los futuros profesionales”, manifestó la investigadora.

Puertas abiertas

El MiSeq puede utilizarlo cualquiera de los grupos de investigación que trabajan en ciencias biológicas, ciencias de la salud y ciencias básicas dentro de la Institución. También se brindarán servicios a entes externos en el marco de proyectos o convenios de colaboración.

Si bien aún se están definiendo los protocolos para utilizarlo, la investigadora dijo que las comunidades científicas deben saber que el CIBCM cuenta con el equipo y que las puertas siempre están abiertas para que la nueva tecnología pueda ayudar a resolver las preguntas centrales de sus investigaciones.

“Este equipo lo puede utilizar cualquiera que lo necesite a nivel nacional. Es un equipo del país porque la UCR es sostenida con fondos de todos los costarricenses. Es importante que la gente conozca que nuestra Institución busca mantenerse a la vanguardia de las tecnologías mundiales hasta donde el presupuesto nos lo permita”, agregó.

Capacidad bioinformática

La cantidad de información que se genera con este equipo requiere un determinado ancho de banda y una gran capacidad de procesamiento bioinformático. En este sentido, el Dr. Allan Orozco Solano, profesor  y coordinador de la Maestría de Bioinformática y Biología de Sistemas de la UCR, explicó que una de las razones de la necesidad de infraestructuras bioinformáticas es que el MISEQ tiene un disco duro de no más de 750 GB, muy poco para almacenar un proyecto poblacional (GWAS) de varios genomas humanos (3,3 GB) pero sí apropiado para almacenar pequeños genomas bacteriales (4.5 MB). 

El Dr. Federico Albertazzi Castro, director del CIBCM,dijo que buscarán ampliar la infraestructura bioinformática del Centro con el apoyo otras unidades de la UCR, el Centro Nacional de Alta Tecnología (CENAT) y la Universidad de Texas.

Al respecto, la Dra. Alice Pérez Sánchez, vicerrectora de investigación, manifestó su disposición a colaborar para solventar las necesidades del Centro en el marco de la Red Clara por medio de proyectos de investigación.

“En este momento la Red Clara ya se está utilizando en la UCR para analizar grandes cantidades de datos. Se requieren proyectos para conversar con el Centro de Informática y la Red Clara.

“La idea es tener una línea de servicio exclusiva para ustedes. Nosotros desde las vicerrectorías planteamos los proyectos de acuerdo con las necesidades que se nos presenten las unidades de investigación”, explicó la Vicerrectora.

Actualizado por César A. Parral el miércoles 21 de octubre del 2015, a las 11: 00 a.m.