El Instituto de Investigaciones en Ciencias Económicas es el Instituto de Investigación más antiguo de la Universidad de Costa Rica, inicia sus funciones en 1955, mediante un plan cooperativo de varios organismos estatales y un Proyecto de Investigación del Desarrollo Económico de Costa Rica.

En 1960, el programa se transformó en el Instituto de Investigaciones Económicas y con ello adquirió una personería sólida y permanente. En 1970, se fusionaron tres centros de investigación que existían en la Facultad y de aquí surgió el actual Instituto de Investigaciones en Ciencias Económicas.