Un programa de investigación corresponde necesariamente con un grupo de trabajo o colectivo que ejecuta en forma simultánea y coordinada al menos cuatro proyectos y/o actividades de investigación en torno a un sistema problemático o temático integrado. Debe fomentar sistemáticamente el trabajo inter-, trans- y multidisciplinario potenciando la integración de unidades académicas y maximizando la sinergia de la agregación del capital humano.
La propuesta de un nuevo programa se puede presentar para su inscripción en cualquier momento del año, previa inscripción de los proyectos que lo integran y su inclusión en el SIPPRES. En un programa pueden estar adscritos proyectos y actividades de una o varias unidades.