Primeros graduados de posgrado en bioinformática, creado en Guatemala con ayuda de la UCR

Manrique Vindas Segura

En total son 32 los nuevos graduados que obtuvieron su título de Profesional en  Bioinformática y Biocomputación Médica de la Facultad de Ingeniería, de la Universidad de San Carlos de Guatemala (USAC) en noviembre del año pasado.

Fueron 32 los graduados que obtuvieron su título de Profesional en  Bioinformática y Biocomputación Médica en la Universidad de San Carlos de Guatemala (USAC).

Este posgrado fue creado con el apoyo académico de la Universidad de Costa Rica (UCR) y es el primero de la región que involucra una perspectiva de ingeniería aplicada a la biomedicina clínica e ingeniería genómica a nivel de procesos de biológica computacional y enfoque molecular. Todo el proceso ha durado cuatro años desde los primeros acercamientos inter-universitarios.

El posgrado en Bioinformática y Biocomputación Molecular Médica se inauguró oficialmente el pasado 6 de noviembre este 2018 y los cursos arrancaron el 23 de febrero del 2019.

En representación de la Universidad de Costa Rica (UCR), el Dr. Allan Orozco Solano, Profesor de la escuela de Ingeniería Industrial de la UCR, apoyó a la USAC en el diseño, ejecución, seguimiento y en los trabajos de graduación de todo el plan de estudios del posgrado.

En su participación tomaron parte  también docentes de la Facultad de Medicina y de la Facultad de Ingeniería de la USAC, con apoyo de la Escuela de Postgrado de USAC.

El plan de estudios incluye materias novedosas que abordan temas relacionados con ingeniería de software y biocomputación,  ingeniería genómica molecular, multiómica, biología de sistemas y bioeconomía de proyectos genómicos. (VER PROGRAMA DE ESTUDIO)

UCR impulsora de la bioinformática

El Dr. Orozco mencionó que la UCR tiene amplia experiencia en este campo. Como especialista en bioinformática de esta Universidad, él ha colaborado en los últimos diez años en procesos similares y en la creación de programas académicos en esa especialidad  en Argentina, Costa Rica, Panamá, y España.

Según el Dr. Orozco, la formación del recurso humano centroamericano, es una premisa fundamental, para luego poder desarrollar en la región "proyectos en esta ciencia especializada de la bioinformática y sus ramificaciones como bicomputación, biología sintética, biología de sistemas y biología computacional.

“También para trabajo multidisciplinario y transdisciplinario en proyectos entre distintas áreas como la medicina, ingeniería, diseño, matemática, biología, bioquímica, física, nanotecnología, tecnologías de salud, etc."

Asimismo destacó que “esta graduación es una de las más grandes en Iberoamérica en el área de bioinformática durante el 2019, con tesinas aprobadas por el Consejo de la Escuela de Posgrado de la Facultad de Ingeniería de USAC”.

En esta primera graduación  el Dr. Orozco dirigió las nueve tesinas de los trabajos finales de graduación, las cuales fueron organizadas de manera grupal. en diferentes temas de la bioinformática, biocomputación, biología computacional, medicina molecular y precisión, oncología de precisión, genética, genómica e Inteligencia Artificial. (VER RECUADRO)

El 22 de febrero del 2020 inicia una nueva promoción de este postgrado, lo que significa la segunda generación de bioinformáticos guatemaltecos.

Los estudiantes de  esta segunda generación tendrán ventaja sobre la primera, en que dispondrán un laboratorio de fabricación (Fab Media) en la USAC, para apoyar los trabajos de investigación especialmente en el área de robótica colaborativa, impresiones 3D e inteligencia artificial aplicada a imágenes biomédicas. Esto mejorará notablemente todo lo relacionado con Biocomputación.

La Universidad de Costa Rica y la Universidad USAC firmaron un acuerdo marco de colaboración entre ambas instituciones en el 2018, el cual contemplaba la colaboración académica y el desarrollo del área de bioinformática y biocomputación médica, cuya ejecución ya se cumplió con mucho éxito en su primera fase, y esto ha estrechado lazos entre ambas universidades.

Actualmente se trabaja también en crear un Doctorado de Ciencias Biomédicas con énfasis en bioinformática y biocomputación en la Facultad de Medicina de la USAC.

El papel de la UCR ha sido protagónico también al impulsar la colaboración de las naciones centroamericanas en el desarrollo de la bioinformática en la región. En Costa Rica se creó la Maestría en Bioinformática y Biología de Sistemas, en el Postgrado de Ciencias Biomédicas de la UCR, impulsada también por el Dr. Allan Orozco y la Dra. Cecilia Díaz, lo cual ha servido de catalizador para otras iniciativas en grupos internos de la universidad y en el país.

La UCR ha apoyado la creación de redes nacionales y regionales, tales como la Red Centroamericana de Bioinformática (BIOCANET) fundada en 2011, y la Red Nacional de Bioinformática de Guatemala (Red BioNagual), asimismo de la Sociedad Iberoamericana de Bioinformática, adjunta a la Sociedad Internacional de Biología Computacional (ISCB por sus siglas en inglés de International Society of Computational Biology).

El posgrado en Bioinformática y Biocomputación Molecular Médica se inauguró el 6 de noviembre del 2018, los cursos arrancaron el 23 de febrero del 2019 y la primera graduación fue en noviembre pasado.

Temas desarrollados en los trabajos finales de graduación

dirigidos por el profesor de la UCR, Dr. Allan Orozco

Proyecto de investigación

Contenido de la investigación

Desarrolladores
(32 graduados de 47 participantes)

Desarrollo de un modelo de simulación predictivo para determinar asociación de células tumorales circulantes y la recurrencia de cáncer de mama con receptores hormonales positivos (HR+) a través de la biopsia líquida.

Primer sistema bioinformático  creado 100% por investigadores centroamericanos en biopsia líquida, para cuantificar agentes circulantes (ADN/ARN/CtDNA/CfDNA) para test genómicos en cáncer de mama por medio de algoritmos genéticos y matemáticos.

Silvia  Hernández, Gabriela Torres, Gabriela Reyes, Rodrigo Hernández, Xiomara Gamboa, y Estuardo Velásquez.

Diseño e implementación de un sistema bioinformático para compatibilidad en receptores y donadores de órganos de riñón del programa del trasplante renal hospitalario de  Guatemala.

Proyecto que introduce una primera solución biocomputacional para conocer compatibilidad de receptores y donadores renales a nivel clínico en Guatemala

Karla Escobar Castro, Mayra Moreno Vásquez, Claudia Martínez Álvarez, Esmirna Osorio Cua, Sheila Ortíz Ortíz, Claudia Rodríguez.

Desarrollo de un flujo de trabajo para el análisis de la variación genética del virus de epstein-barr para investigación aplicada en Guatemala.

Enfoque multiómico para la investigación del virus epstein-barr en Guatemala.

Elizabeth Solórzano Ortiz, Ana Laparra Ruiz, Fredy López, Valenzuela, Mynor Sandoval Lemus.

Diseño de un prototipo basado en aprendizaje automático para soporte del diagnóstico radiológico de tuberculosis pulmonar.

 

Procesamiento digital de artefactos bacteriales en radiología pulmonar para apoyo al diagnóstico en Guatemala.

José Morales Corado, Carlos Guerrero Méndez, Eddin Paniagua Monroy, Felipe Gómez López, Nery Chacoj López, Luis Chocón Chete,

Quikab Ortiz Castro, Rosa Reyes Boche.

Diseño de sistemas para el aprendizaje fundamental de bioinformática y genómica a través de  tecnologías móviles.

Es el primer programa de Centroamérica,  en torno al aprendizaje básico de la bioinformática a través de programas móviles en plataforma Android y Web Services.

Juan Carranza Hurtado, Pablo Rojas Ramírez, Christa Samayoa Escobar, Allan Prera Montenegro.

Método de predicción in silico (vía simulación computacional)  de las estructuras tridimensionales de proteínas utilizando el factor de  transcripción LHX1.

Workflow Bioinformático para predicción de estructuras proteicas con referencia LHX1.

Vera Alvarado Guzmán, Diego De León Ruiz, Ángel Escobar García

José Grajeda Estrada, Analucía Lemus Rosas, Julio Paxtor Caté, Manuel Raamos Álvarez.

Detección y clasificación de las fases del parásito plasmodium vivax en imágenes de frotis de sangre a través de la inteligencia artificial y  redes neuronales convolucionales.

Es el primer sistema centroamericano para detección de Malaria con técnicas de Inteligencia Artificial y redes neuronales.

Sofía Soberanis López, Rocío Villalobos Morales, Jorge Balsells Orellana, Erick Diaz Saborio.

Análisis de homología de secuencia de la microbiota del intestino medio de vectores de malaria, mosquitos del genero anopheles spp.

Análisis de patrones, bioinformática y ciencia de datos.

Fulvia Argueta Zepeda, Leonel Pérez Monterroso, José Véliz Escobar, Jimmy Godoy Hernández, Zaida  Juárez Mendoza

Evaluación técnica y comparativa de la dinámica molecular y modelaje tridimensional de proteínas citosólicas.

Empleando principios físicos/computacionales de la dinámica molecular

Marie André Consenta, Allan Vásquez, María Marroquín Tintí

Estudiantes del posgrado en Bioinformática y Biocomputación Molecular Médica, crearon aplicaciones móviles (Apps) aplicadas al aprendizaje básico de la bioinformática, genómica y genética, por medio de programas móviles en plataforma Android y Web Services.