El Programa de Investigación en Neurociencias (PIN) nace en 1999 como un proyecto de investigación bajo el nombre de Programa de Investigación en Neurociencias (PIN), impulsado por el Dr. Jaime Fornaguera Trías (actual director) junto con reconocidos investigadores como el Dr. Henning Jensen Pennington (Instituto de Investigaciones Psicológicas, IIP, actual rector UCR) y el Dr. Pedro León Azofeifa (Centro de Biología Celular y Molecular, CIBCM).
Por el crecimiento y por las temáticas abordadas en el año 2002 se convirtió en uno de los cinco Programas de Interés Institucional de la Universidad de Costa Rica (UCR) y en el año 2012, por su constante crecimiento y desarrollo, adopta la figura de Centro.