El CIBET generá conocimiento científico sobre biodiversidad y ecología tropical, asimismo articulará y potenciará la sistematización y difusión de este conocimiento, con particular énfasis en ecosistemas continentales. Además, tendrá un papel central en el resguardo, la catalogación y el crecimiento de las principales colecciones científicas universitarias de los diferentes grupos de organismos que componen la biodiversidad de Costa Rica.

Realiza investigaciones científicas en tecnología poscosecha de granos, semillas y otros productos no perecederos. Proporciona servicios en análisis de calidad de granos y semillas, desarrolla, adapta y divulga tecnologías que promuevan la eficiencia y competitividad de la empresa pública y privada.

Desarrolla la investigación científica en el área de las matemáticas, en sus aspectos teóricos y aplicados, y en su incorporación a los procesos científico-tecnológicos de la producción y la administración. Sus servicios van orientados a la capacitación y asesoría en las instituciones públicas y privadas.

El Centro de Investigaciones Geofísicas es una unidad de investigación en los campos comunes de la física y la meteorología.

Desarrolla investigaciones científicas en el campo de la energía con énfasis en electroquímica y disciplinas conexas. Ofrece servicios técnicos repetitivos, investigación contratada, asesorías y consultorías y capacitación a las industrias químicas, electroquímicas y alimenticias.

Determina mediante la investigación científica el grado de contaminación ambiental antropogénica y de origen natural. Desarrolla metodologías propias, evalúa y adapta métodos internacionales para el análisis de contaminantes para adecuarlos a las condiciones de trabajo de los laboratorios de América Latina. Suministra servicios técnicos repetitivos, asesoría y consultoría.

Realiza investigaciones científicas en los campos de fluorescencia de rayos x, electrónica nuclear y física nuclear. Los proyectos son interdisciplinarios, ubicados dentro del marco de la realidad nacional en las áreas de salud, agricultura, geofísica e industria. Presta servicios de análisis a la industria nacional, utilizando las técnicas de fluorescencia de rayos x, conteo de bajo nivel y trazos nucleares.

El Centro de Investigación en Ciencia e Ingeniería de Materiales (CICIMA), pionero de la nanotecnología en Costa Rica y probablemente en toda Centroamérica, es una unidad de investigación científica y tecnológica de carácter multidisciplinario dedicada al estudio al nivel microscópico de las propiedades físicas y químicas de los materiales, para su desarrollo y adaptación en procesos industriales.