Clúster de la UCR recibe reconocimiento internacional

Manrique Vindas Segura

El clúster bioinformático Nelly de la Universidad de Costa Rica (UCR) se ha ganado un reconocimiento internacional por los servicios que ofrece a investigadores de las áreas de medicina, genética, biología molecular, microbiología, agronomía y otras ciencias de la vida, no solo en nuestro país, sino de la región.

Los especialistas de las ciencias de los seres vivos recolectan gran multiplicidad de datos en sus investigaciones, pero necesitan procesarlos y compararlos para obtener conclusiones y aplicaciones.

El cluster bioinformático Nelly se ubica en el Centro de Informática de la Universidad de Costa Rica.

La bioinformática es la disciplina que viene en su auxilio para procesar esos datos, cruzarlos, encadenarlos, compararlos, con el fin de encontrar coincidencias, equivalencias, similitudes y diferencias. Pero para ello se requiere de mucha capacidad de procesamiento computacional.

Como los países de la región no cuentan con esa capacidad, la UCR viene a suplir esa necesidad a nivel regional, poniendo a disposición el clúster bioinformático “Nelly”, que es un centro de cómputo para almacenar e interpretar datos genéticos.

Apoyo en investigación

El clúster ha sido utilizado en cursos de bioinformática impartidos en diferentes países centroamericanos, por lo que instituciones que realizan investigación en estas áreas, recomiendan a sus científicos recurrir a los servicios del clúster Nelly de la UCR. 
Estos servicios han sido elogiados incluso por la Universidad de Johns Hopkins (Johns Hopkins University) en Estados Unidos de América (EEUU), reconocida por sus investigaciones biomédicas.

Recientemnente esta universidad estadounidense envió a la UCR una carta de reconocimiento por el apoyo que brinda a nivel regional en bioinformática.

En la nota, la Universidad de Johns Hopkins explica que la UCR brinda un recurso de acceso abierto que da facilidades a los científicos no entrenados en bioinformática en Centroamérica para crear sus propios análisis bioinformáticos, pues pone a su disposición los recursos del clúster bioinformático “Nelly”. (VER CARTA)

Este reconocimiento se une a que este clúster es uno de los 60 replicadores mundiales de la Universidad de Pensilvania, ya que los servicios “web” Galaxy de bioinformática que brinda el clúster en Internet fueron validados por esa universidad estadounidense.

Los servicios Galaxy son una colección de herramientas de Internet que sirven para análisis e integración de datos biológicos en genómica y medicina molecular.

Actualmente se brindan más de 300 servicios activos en distintas áreas, como la ultra-secuenciación genómica, transcriptómica y metagenómica.

Esto coloca a estos servicios a la par de los que ofrecen entidades reconocidas internacionalmente como J. Craig Venter Institute y Harvard Stem Cell Institute de EE.UU., Institut Curie de Francia y Max Planck Society de Alemania.

Estos servicios Galaxy se pueden acceder desde la red institucional de la UCR en la dirección: http://10.20.3.4:8080. Para accesos externos fuera de la red de la UCR se debe acceder en la dirección http://www.bioinformatica.ucr.ac.cr:8080/

Apoyo en enseñanza

Estos servicios han apoyado la formación académica nacional e internacional en bioinformática y biocomputación molecular, pues ya se han utilizado vía Internet en talleres, seminarios y congresos.

Por ejemplo, en el 2013 y 2014, se empleó el clúster de bioinformática para capacitar a investigadores de las facultades de medicina de la Universidad de San Carlos en Guatemala, donde la UCR colaborará próximamente en la creación de un Centro de investigaciones en Bioinformática.

Durante ese período también se empleó el clúster en la Escuela de Informática de la Universidad Tecnológica de Panamá durante una capacitación impartida a solicitud del Instituto Conmemorativo Gorgas de Estudios de la Salud, con el patrocinio del Instituto Nacional de Salud de EEUU (NIH por sus siglas de National Institutes of Health). VER INFORMACIÓN

También se utilizó en enero del 2015 en el taller “Secuenciación Masiva” en el Departamento de Bioquímica y Biología Molecular en la Universidad de Concepción en Chile.

Allí se utilizaron a distancia los servicios “Galaxy” y sistemas en línea creados en nuestro país para analizar genomas, proteomas, genes y secuencias biológicas en farmacogenómica.

El clúster será un importante herramienta para capacitar a científicos mexicanos durante el taller “Microarreglos de ADN y Bioinformática” que se realizará del 17 al 19 de mayo del 2015 en el Centro de Investigaciones Biológicas del Noroeste S.C.(CIBNOR) en la ciudad de la Paz, en Baja California Sur, México. (VER INFORMACIÓN).

También se han utilizado en el desarrollo de tesis de posgrado, publicaciones científicas, seminarios, congresos y capacitaciones sobre tecnología innovadora en bioinformática.

Diseños bioinformáticos propios

El clúster de la UCR proporciona los primeros diseños e implementaciones de sistemas bioinformáticos existentes a nivel regional hasta el momento. Un ejemplo es la primera plataforma visual de bioinformática creada para estudios de variantes genéticas en biología y medicina molecular en Centroamérica. Consiste en un sistema de variaciones genómicas en cáncer gástrico y de mama, denominado “Variation Viewer”. (VER INFORMACIÓN)

Fue desarrollado a finales del 2014 por estudiantes del Instituto Tecnológico de Costa Rica (ITCR) en colaboración con profesores y estudiantes de la UCR, quienes contaron con los recursos en línea del Instituto Europeo de Bioinformática (EB, por sus siglas en inglés de European Bioinformatics Institute) y del Welcome Trust Sanger Institute de Inglaterra.

Esta herramienta está a disposición de los especialistas en las siguientes direcciones. Para accesos al sistema dentro de la UCR visitar: http://10.20.3.4/variationviewer . Para ingresos externos fuera de la red de la UCR acceder en la dirección: http://bioinformatica.ucr.ac.cr/variationviewer/

También estará a disposición pronto una plataforma bioinformática para analizar múltiples genes en un tejido canceroso, mejorando sustancialmente el análisis tradicional que solo abarca una cantidad muy limitada de genes.

Esta herramienta fue diseñada por el Dr. Allan Orozco Solano, profesor de la Maestría Académica en Bioinformática e investigador del Programa Sociedad de la Información y el Conocimiento (PROSIC), ambos de la UCR.

Por este trabajo, el Dr. Orozco recibió en noviembre del 2014 el premio internacional de la edición 2014-2015 de la Cátedra de Genómica de la Universidad de Valencia de España, ya que fue considerada la mejor propuesta de proyecto de investigación internacional.
 

El “cluster” Nelly es de mediana capacidad comparado con otros a nivel mundial, pero, según comento Dr. Orozco, “se tiene planeado migrar próximamente el sistema completo a un ambiente virtual de cuatro nodos en el nuevo equipo del Centro de Informática y reutlizar el equipo físico en otros centros de investigación de la UCR”.

Además el clúster tiene la posibilidad de conectarse con otras redes de otros países para ejecutar operaciones muy complicadas que requieran mucha capacidad de procesamiento.
El “clúster” Nelly, ubicado en el Centro de Informática de la UCR, entró en funcionamiento a inicios del 2012.